|
|
Study on the relation between G-quadruplexes and p53-driven regulation
Holotová, Paulína ; Vodička, Juraj (referee) ; Brázda, Václav (advisor)
Táto práca sa zaoberá úlohou štruktúr G-kvadruplexov, ich stabilizáciou pomocou ligandov a úlohou p53 v regulácii transkripcie. G-kvadruplex je typ sekundárnej štruktúry nukleovej kyseliny zloženej z 2 – 4 tetrád. Každá tetráda je tvorená štyrmi guanínmi spojenými prostredníctvom Hoogstenovho párovania báz. Táto práca pozostáva z teoretickej a experimentálnej časti. V teoretickej časti bola opísaná podstata G-kvadruplexových štruktúr a ich potenciál pri liečbe rakoviny, úloha p53 v bunkovom cykle a jeho regulácia a ligandy kurkumín a TMPyP4 použité na stabilizáciu G4. V experimentálnej časti sa študovali interakcie ligandov kurkumínu a TMPyP4 so štruktúrami nukleových kyselín. Reportérové kmene kvasiniek obsahujúce PUMA, KSHV aich kombinácie boli transformované plazmidmi kódujúcimi iba selekčné markery a plazmidmi kódujúcimi divokú formu génu pre proteín p53. V teste životaschopnosti, optimálna koncentrácia ligandov (kurkumínu a TMPyP4) bola stanovená pre reportérový kmeň PUMA, ktorá sa ďalej použila v Luciferázovom teste. Test vytesnenia fluorescenčného indikátora s tioflavínom T ako fluorescenčným farbivom dokázal interakciu medzi oligonukleotidmi tvoriacimi G4 a kurkumínom a TMPyP4. Luciferázový test sa použil na vyhodnotenie interakcie medzi transformovanými reportérovými kmeňmi kvasiniek a oboma ligandmi. Výsledky po 24 hodinách ukázali štatistickú významnosť pre každý kmeň v rovnakom prostredí, pričom kmeň PUMA vykazoval najvyššiu transaktivačnú aktivitu - insert PUMA je cieľovým génom pre p53. Kmene s PUMA aj KSHV vykazovali významne nižšiu transaktivačnú aktivitu, keďže prítomné ligandy mohli stabilizovať štruktúru G4 prítomnú v KSHV, a tým znížiť transkripciu. Prítomnosť G4 v sekvencii KSHV sa potvrdila aj pomocou programu G4Hunter, pričom G4Skóre bolo 3,182. Transaktivácia bola výrazne nižšia aj v kmeňoch PUMA prítomných v prostredí kurkumínu a TMPyP4, aj napriek tomu, že táto sekvencia netvorí G4, čo potvrdil aj program G4Hunter. To naznačuje, že študované ligandy kurkumín a TMPyP4 môžu regulovať metabolizmus buniek iným spôsobom, ako sa doteraz predpokladalo.
|
|
|
Pathogenesis of nephrotic syndrome in children and predictors of corticosteroid treatment response
Bezdíčka, Martin ; Souček, Ondřej (advisor) ; Doležel, Zdeněk (referee) ; Reiterová, Jana (referee)
Nephrotic syndrome is a kidney disease caused by injury of the podocytes. It can be secondary due to infection, systemic disease or certain drugs, but it may also present as sudden primary nephrotic syndrome without obvious inducer. Current standard treatment has many severe adverse effects. In some patients that are resistant to the initial several-week-long glucocorticoid treatment it is possible to reveal the causative genetic aetiology of the disease, whereas in the rest of them aetiology remains unknown. Those who respond well to initial glucocorticoid treatment and achieve remission may later on develop repeated relapses requiring long-term glucocorticoid therapy. This work describes our original research studies focusing on the improvement of genetic diagnostics of nephrotic syndrome, on the exploration of molecular mechanisms of the second most common genetic cause of the steroid-resistant nephrotic syndrome (transcription factor WT1 mutants) and on the search of clinical and laboratory factors that could predict the resistence to glucocorticoid treatment. By combining Sanger and next-generation sequencing (NGS) we were the first to identify monogenic cause in 38 % of Czech and Slovak children with steroid-resistant nephrotic syndrome whose samples had been collected for 18 years. The most...
|
guest ::
